1、注意家庭中有些物品不適宜用這種方法消毒的，比如金屬的餐具和器皿。
2、頻率不同的微波，消毒效應不同：2450MHz的微波，物品升溫速度快，殺菌能力強，消毒時間短，但它的穿透力較弱，因而只適用于小件或厚度不大的物品;915MHz頻率的微波，物品升溫速度較慢，所需消毒時間較長，但它穿透能力強，因而可用于大件或較厚的物品消毒。
3、微波對人體可造成多系統、多臟器損害，因而在微波消毒時應謹防微波泄漏。用清洗劑清潔微波爐后，應將清潔劑清除干凈，防止其殘留在爐門附近，否則容易使爐門密封效果不佳，造成微波泄漏。
4、微波爐內有異味時，可用一杯水，內加一匙檸檬汁，加熱片刻來消除。
5、空載運轉會損壞微波爐，微波作用必須通過水為介質，故干燥物品，應放人少量水，利用濕熱穿透達到消毒目的。
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